De Zuiderkerk werd in 1901 in opdracht van de gereformeerde gemeente door de bekende Amsterdamse architect Tjeerd Kuipers gebouwd. Hij werd hierin bijgestaan door de Groninger bouwkundige Y. van der Veen. De kerk werd gebouwd op de plaats van een oudere voorganger (1888). Deze was echter zo slecht gebouwd dat er al snel behoefte ontstond aan een nieuw en beter gebouw.

De Zuiderkerk is onder meer bijzonder omdat hij zo goed herkenbaar is als kerk, ondanks het feit dat het gebouw stedenbouwkundig bijzonder knap is ingepast in de bestaande, overwegend gesloten gevelwand. De twee torens, de ene hoger dan de andere, zorgden ervoor dat de kerk al vanaf grote afstand opviel. Door het terug liggende front is de kerk bovendien van dichtbij, op straatniveau, goed herkenbaar.

De voormalige kerk heeft versieringen en andere toevoegingen, maar er is geen stucwerk toegepast, zoals dat in de 19e eeuw in de huizenbouw te doen gebruikelijk was. Daarin, en in de vormgeving, is de invloed van de bekende architect en stedenbouwkundige H.J.P. Berlage te herkennen. De opzet van de kerk komt overeen met die van andere gereformeerde kerken van rond de eeuwwisseling. Met een Latijns kruis als plattegrond, was deze kerk één van de eerste nieuwe grote binnenstadskerken van de gereformeerden in Nederland.

Toen de kerk in het begin van de jaren ‘80 van de vorige eeuw haar functie verloor, werd het in 1985 door het Groninger architectenbureau Oving Architecten (destijds Sijpkes & Oving geheten) getransformeerd tot wooneenheden. In opdracht van de christelijke woningstichting Patrimonium kwamen er 21 appartementen voor één- en tweepersoons huishoudens en vier iets grotere woningen.

De monumentale voorgevel van de kerk met de twee ingangsportalen en het glas-in-loodraam behield zijn originele staat, maar binnen herinnert nog maar weinig aan de oorspronkelijke functie. Voor het silhouet van de Stationsstraat en de stedenbouwkundige situatie ter plaatse is er niets veranderd, maar in het interieur is fors ingegrepen.

Tijdens het gehele proces is weinig regie door de gemeente gevoerd. De kerk is eerst bijna casco gesloopt en daarna volgebouwd met wooneenheden. Het voorschip bleef daarbij gespaard. In het interieur zijn de nog in het zicht gebleven oorspronkelijke zijgevels, de glas-in-loodramen, galerijen, de houten orgeltribune met balustrade en het houten tongewelf, dat is beschilderd met Jugendstil-motieven, de enige elementen die nog herinneren aan de vroegere kerkfunctie.