Op 1 mei 1671 trof de bliksem zowel de Aa- als de Martinitoren.
‘Melk en (natte) huiden’ redden de Martini, maar de Aa-toren bleek door zijn smalle trappen en het afvloeien van smeltend metaal ontoegankelijk. Toren, kerkdak, orgel en klokkenspel gingen in vlammen op.
Dankzij een flinke bijdrage van de Groninger bevolking ‘tot restablissement van dit vervallene Godtshuis’ verrijst er enige jaren later een nieuwe toren, maar al tijdens de bouw blijken gebreken en in 1720 stort de toren spontaan in.
Acht jaar later was de huidige 76 meter hoge toren verrezen. Het ontwerp is van de Amsterdammer Roelof Garmelink en de Groninger stadsbouwmeester Allert Meijer.
De laatste opknapbeurt vond plaats tussen 1975 en 1987.