De Oude Hortus Botanicus is een bijzondere tuin in het noordelijke gedeelte van de stad, verstopt achter woonhuizen en universiteitsgebouwen. In 1626 huurde apotheker en medicus Hendrick Munting een lapje grond aan de Grote Rozenstraat. Hij legde hier een indrukwekkende verzameling aan van medische in- en uitheemse planten. In 1646 telde de collectie al zo’n 2000 soorten, waaronder 166 tulpenvariëteiten. Spoedig betrok Munting de naastliggende tuin erbij en later kocht hij ook nog een aanpalend stuk grond.

Al voor zijn benoeming tot hoogleraar in de botanie in 1654 gaf Munting plantkundige lessen in zijn tuin. Vader, zoon en kleinzoon Munting werkten als hoogleraar-beheerder van de plantencollectie, tot de tuin in 1691 vanwege financiële problemen aan de Provincie Groningen en de Rijksuniversiteit werd verkocht. Sindsdien is de tuin officieel de Hortus Botanicus. Maar het beheer was erg kostbaar en de onderwijstuin dreigde ten onder te gaan.

Halverwege de 18e eeuw redde professor Tiberius Lambergen de plantencollectie. Sindsdien breidde de Hortus steeds verder uit, allereerst met een warme kas langs de muur aan de Grote Kruisstraat. Nadien kwamen daar nog een arboretum, een oranjerie, kassen, een rotstuin en een herbariumzaal bij. Vanaf 1849 werd de Hortus geleidelijk aan opgesteld voor het publiek. In 1899 richtte professor J.W. Moll bij de tuin een Botanisch Laboratorium en een Botanisch Museum op. In 1913 werd het oostelijk deel van de Hortus ingericht als een park in late Engelse landschapsstijl met kronkelende paden, een vijverpartij en sierlijke bruggetjes. Het ontwerp was van tuinarchitect Jan Vroom Jr. Verder uitbreiden kon de Hortus niet. Daarom kocht de universiteit in 1917 Huis de Wolf in Haren, een terrein van ruim twaalf hectare. In 1966 verhuisde de Hortus definitief naar Haren. Een zeer bijzondere binnentuin in de Hortusbuurt bleef achter.

In de Oude Hortus staat de oudste Ginkgo biloba van Nederland, een Japanse notenboom. Deze boom werd in 1730 naar Europa gebracht. De boom heeft bijzondere, waaiervormige blaadjes. Daarnaast sieren een kurkboom, een wegedoorn en een zeldzame treurbeuk de tuin. Na 1967 werden er ook enkele nieuwe bomen geplant, zoals een eik, een plataan en een beuk. Onder de bomen gedijen ruim 20 soorten stinsenplanten, waaronder boerenkrokus, Italiaanse aronskelk, daslook, gulden boterbloem, hangende zegge, lievevrouwebedstro, dichtersnarcis, salomonszegel en fraaie vrouwenmantel. Ook is de kamperfoelie aanwezig. Voor zover bekend groeien de stengelloze sleutelbloem en de zeldzame bostulp alleen in de Oude Hortus.