Rond het jaar 1200 waren Utinga en Westerkluft, twee westelijke stadsdelen van Groningen, toe aan een kapel. Aan de oevers van de Aa hadden zich schippers en kooplieden gevestigd, daarom werd de romaanse kapel behalve aan Maria ook aan de Heilige Nicolaas gewijd, beschermheilige van de schippers. 

 

De stadsdelen mochten zelf een pastoor kiezen, maar konden voor de doop en het huwelijk niet bij hem terecht. Daarvoor moesten ze naar de Groninger hoofdpastoor, de ‘Persona Personatus’ van de Martinikerk. Aan het begin van de 13de eeuw werd aan dit ongemak een einde gemaakt, toen een zekere bisschop Otto de kapel aan de Aa tot parochiekerk verhief. De kerk kreeg de naam 'Onze Lieve Vrouwe ter Aa'. Later kwamen de benamingen ‘Ter Aa-kerk’ en ‘Der Aa-kerk’ in zwang. Tegenwoordig wordt de kerk vaak simpelweg ‘Akerk’ genoemd. 

 

Ondanks de inspanningen van bisschop Otto bleef de Akerk ondergeschikt aan de Martinikerk. Jaarlijks moest de pastoor vier zogenoemde grinspennincken betalen aan de hoofdpastoor. 

 

De belangrijkste aanpassingen aan de Akerk werden gedaan in de 15de eeuw, toen de kerk werd verbouwd tot een volledig gotische kruisbasiliek. Eerst kreeg het gebouw in 1425 een nieuw koor. Veertig jaar later werd de rest van de kerk even hoog als het koor opgetrokken. Rond 1520 werd de binnenkant van de kerk afgewerkt met een indrukwekkende reeks gewelfschilderingen.

 

Op 1 mei 1671 trof de bliksem zowel de Akerk als de Martinitoren. Die laatste kon worden gered, maar de Atoren was door zijn smalle trappen en het afvloeien van smeltend metaal ontoegankelijk. De toren, het kerkdak, het orgel en het klokkenspel gingen daardoor in vlammen op.

 

Dankzij een flinke bijdrage van de Groninger bevolking verrees een nieuwe toren, maar die bleek niet erg degelijk. Ondanks een restauratie in 1687 stortte hij op zaterdag 12 april 1710 spontaan in. ‘Een geweldig geschreeuw vervulde de lucht’, schreef de burgemeester van Frankfurt daarover, die op dat moment de stad bezocht. Acht jaar later werd de huidige toren afgerond, 76 meter hoog en ontworpen door Roelof Garmelink en Allert Meijer. 

 

In de Franse Tijd werd de Akerk een exercitieplaats. Ook sloeg de burgemeester er hooi en levensmiddelen op. Na de aftocht van de Fransen schonk Koning Willem I, ter ere van het 200-jarig bestaan van de Rijksuniversiteit in 1814, het Schnitgerorgel van de Academiekerk aan de Akerk. 

 

Tot 1970 werden in de kerk protestantse diensten gehouden. Vanaf 1976 werd het gebouw grondig opgeknapt en kreeg het een nieuwe bestemming. Tegenwoordig heeft de Akerk een culturele en zakelijke functie. Er vinden bijvoorbeeld tentoonstellingen en concerten plaats, en de ruimte kan worden gehuurd. Er vinden geen kerkdiensten meer plaats.